Новый этап жизни Бориса Михайловича был связан с работой в Академии общественных наук. Здесь он возглавил научный центр по изучению опыта развития социалистических стран Восточной Европы. Глубокое знание “реального социализма” позволило ему в 1990-1991 годах опубликовать ряд статей, говорящих об истинной исторической роли КПСС.

Острая критика М.С.Горбачева стоила Борису Пугачеву работы, и он вновь вернулся в Институт экономики мировой системы социализма. Работая в Институте он опубликовал более 70 статей в "Известиях", "Комсомольской правде", "Российской газете", "Независимой газете", "Новом времени", в десятках других изданий. Одновременно в качестве эксперта Борис Пугачев участвовал в разработке проекта российской Конституции, а после августовского путча стал экспертом парламентской комиссии по расследованию его причин и выступал экспертом в Конституционном суде по делу КПСС.

В последние годы жизни Б.М.Пугачев работал директором исследовательской программы Российско-Американского Университета, заведующим кафедрой в Центре стратегических проблем Российской академии управления, был ведущим научным сотрудником в Институте экономических и политических исследований РАН, вел активную научную разработку проблем внутренней и внешней политики России.

В 1993-1994 Борис Пугачев активно поддержал становление новой политической организации Конгресс русских общин. Он был одним из немногих, кто открыто поддержал формирование новой идеологии – идеологии русского возрождения, изложенной в “Манифесте возрождения России”.

Бориса Михайловича Пугачева больше нет, но живущим нужна эта правда, сжегшая его сердце, как бы тяжела и горька она не была. Потому что это – точная правда о нас самих и о безмерно трудных, но честных, поисках нового пути для нашего Отечества.

При этом любовь к Родине для аналитика Б.М.Пугачева не была чем-то абстрактным или книжным – с ранней молодости и до последних месяцев своей жизни он прошел, проплыл и проехал от ледовых морей Чукотки, от Дальнего Востока и Сибири до Кавказа, Карелии и Беломорья. Даже после двух тяжелейших инфарктов, перенесенных в пути, он оставался легок на подъем готов к новым впечатлениям.

Профессионал высокого класса, он не любил демонстрировать свою компетентность в серьезных вопросах при общении с людьми, но везде, где он появлялся в обществе, устанавливалась атмосфера естественности и легкого юмора.

Каждый, кому в этой жизни улыбнулась судьба, подарив общение или дружбу с Борисом Михайловичем Пугачевым, сегодня в полной мере ощущает безвременность и иррациональность утраты этого человека.

Мунтян М.А.: Борис Михайлович Пугачев принадлежал к той подвижнической категории людей, пассионарностью которых приводятся в движение механизмы человеческой истории. Он был счастлив убежденностью, что, сжигая собственное сердце, помогает окружающим делать свою жизнь хоть на йоту, но справедливей и достойней.

Как и большинству настоящих подвижников, Борису Михайловичу не удалось стать в прямом смысле “господином жизни”. Но всей своей жизнью он доказал, что миром правят идеи свободы, человеческой солидарности, ответственности за “настоящее прошлого” и “настоящее будущего” своего народа. Интеллектуальное служение высшим социальным ценностям и Отчизне создавало вокруг него энергетическое поле такого напряжения, что все соприкасавшиеся с ним получали мощный заряд общественного активизма и гражданской отваги.

Борис Михайлович первым из нашего последнего предвоенного поколения ушел в мир иной. Тем значительней наша ответственность за судьбы России, пламенным радетелем которой он являлся.

В том году я написала более сотни стихов. И как знать, если бы не Борис Михайлович, с его тонкой деликатной душой и искренней поддержкой, они возможно бы и не были написаны. Он способствовал раскрепощению моей души. Общение с ним приносило легкую беззаботную энергию, располагало к творчеству…

Был в моей жизни период, когда я долго не видела Бориса Михайловича. До 1991 года мы не во всем сходились в оценке происходящих событий. Он не одобрял моих прогнозов о сползании к гражданской, а возможно - и мировой войне. Он правда ничего не говорил, но общение с ним стало каким-то уклончивым. И с осени 1990 до весны 1992 года мы не общались. Мне было тогда тяжело, но я знала, что он жив и много работает, и выполняет свое предназначение. Ведь жил он так интенсивно и истово, что всегда было ощущение, что он не просто живет, а выполняет свою какую-то особую миссию. Надеюсь, что он выполнил свою миссию. Эта миссия света, а не тьмы.

Дорогой мой Борис Михайлович ушел от нас в ночь с шестого на седьмое января 1995. Говорят, что в большие праздники умирают только духовно богатые люди.

Воронецкий В.: Трудно представить, что этот остроумный, доступный и на редкость доброжелательный человек мог быть до самоотречения смел и решителен в ситуациях, требующих принципиальности и нравственного выбора. В свое время, в разгар "гласности" он выступил в печати с заявлением о нереформируемости КПСС, возглавляемой закостенелой властной верхушкой, и был изгнан из Академии общественных наук по личному распоряжению последнего генсека. Позднее Б.М.Пугачев сам порвал и с представителями "демократического истеблишмента", открыто высказав им все, что думал об их алчности, некомпетентности в государственных делах и о последствиях их политики для страны.

Таким образом, став "свободным аналитиком" (а чувство внутренней свободы было свойственно ему всегда), Борис Михайлович приобрел еще большую популярность и известность как яркий и неординарный публицист – его тревожный голос все чаще зазвучал на газетных полосах, на радио, на телевидении. И по-прежнему неуслышанным он оставался лишь со стороны властей. Но в отношении представителей этой породы он, кажется, давно уже ответил на известный вопрос В.Набокова и для него “понятие власти” явно не стало “равно ключевому понятию родины”.

Иванов Ю.: Мой друг Борис Пугачев был авторитетным российским политологов, честнейшим и обаятельным человеком, одним из тех праведников на нашей земле, без которых она пустеет.

Еще смолоду выбрав жизненный путь искателя Правды, он прошел его, преодолевая на этом пути нелегкие препятствия, искушения, компромиссы. И на политическом Олимпе, там, где вершатся судьбы России, остался достойным ее мыслителем и гражданином.

Его прогнозы, сделанные не первых порах “постперестройки”, не перестают удивлять своей глубиной и точностью самых компетентных специалистов. Задолго до того, как началась война в Чечне, он сказал мне, что будет эта беда. А еще раньше сделал безошибочный прогноз о трагедии, надвигающейся на Балканы. Но мало кто тогда к нему прислушивался.

Борис Михайлович любил Россию до боли сердечной. Как странник, он обошел самые забытые, заветные ее уголки. И свою “карьеру” профессора, академика, ведущего Центра политических исследований, советника Государственной Думы мог бы добровольно оставить - либо бы навсегда остались с ним свобода, возможность быть гражданином своей страны, ранняя зорька, костер у тихой реки да негромкий ночной разговор с близким другом.